单纯性急性尿路感染经抗菌药治疗后，90%可治愈，约10%左右可转为持续性细菌尿或反复发作。freedman等追踪250例女性尿路感染病人12年，没有发现高血压和肾功能损害等的证据。asscher等观察107例女性无症状性菌尿，并以88名相当年龄的妇女作对照，两组均无高血压或尿路梗阻，不给予任何治疗，5年后，细菌尿组并没有进行性肾功能损害。国内叶任高等追踪一组46例女性尿路感染24例，2例死于慢性肾盂肾炎尿毒症，均为复杂性肾盂肾炎，2例多次再发演变为慢性肾盂肾炎，亦为复杂性肾盂肾炎。因此，无尿路解剖或功能异常者，纵使感染反复发作，通常也不会演变为慢性肾盂肾炎。然而，在有尿路损害的基础上夹杂感染，则可加速肾损害的发展。基于上述材料，在成人有尿路异常者，原先有肾脏疾病者，或反复发作性尿路感染者，应作尿路感染的筛选性检查，并做相应治疗。
复杂性尿路感染临床治愈率低，容易复发，除非纠正了尿路解剖或功能的异常，否则极难治愈。持续性细菌尿或反复发作者超过半数，慢性肾盂肾炎可发生高血压。在儿童，慢性肾盂肾炎是继发高血压的常见原因，占儿童高血压病因的30%。成人慢性肾盂肾炎，引起高血压者亦比较常见。据文献报告，小儿慢性肾盂肾炎，高血压的发生率为10%，而成人为15%，高血压的严重程度与慢性肾盂肾炎的严重程度呈正相关。慢性肾盂肾炎延误诊断或治疗不彻底，导致双侧肾脏疤痕形成，甚至萎缩，形成慢性肾功能衰竭，最后需要替代治疗延长存活时间。
儿童尿路感染的预后则与成人单纯性尿路感染的预后不同，目前，大多数学者认为，尿路感染引起的肾损害大多数发生在儿童期，且常在5岁以前，通常伴有解剖或功能上的异常，尤其是伴有膀胱输尿管逆流。一些报道认为：儿童发生症状性尿路感染，且伴有膀胱输尿管逆流者，给予长疗程低剂量抗菌疗法，可以减少肾疤痕的形成。
另外，重症肾盂肾炎病例经过治疗后，仍有持续高热和血白细胞显著增加，还可以产生肾乳头球死、肾周围炎和肾周围脓肿、革兰氏阴性杆菌败血症等严重并发症。至于尿路感染引起的革兰氏阴性杆菌败血症，即使在目前新一代的抗生素治疗下，也偶会死亡，这是没有争议的事实。
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