引起习惯性流产的原因比较复杂，而且常为多种因素共同所致。
目前比较明确的病因有：1、遗传因素：约占习惯性流产的4.5%-25%，如胚胎染色体的异常，流产多发生在妊娠8周以内。2、内分泌因素：约占13%-20%，如卵巢黄体功能不全，亦早期流产的常见原因。3、生殖器官异常：约占12%-15%，如子宫发育不良，宫颈内口功能不全症等，多引起晚期流产。4、感染因素：占2%，如病毒或细菌感染，一方面可导致胚胎的发育异常，另一方面可引起生殖器官的炎症，不利于孕卵着床。
除此之外，还有40%左右的习惯性流产原因不明，其中免疫学因素是目前认为比较重要的原因之一。从免疫学的角度看，胎儿－胎盘单位含有来自父母双方的遗传基因，对母体来说它是一个半同种移植片。“胎儿同种移植”的成功即妊娠的成功，必须依赖阻止有害的母体免疫反应。同种异体的胎儿－胎盘单位不被排斥的机制目前认为主要有：1、母体对主要组织相容性抗原复合体，滋养层及丈夫B淋巴细胞等产生封闭抗体，阻止致敏T细胞对胚胎的攻击；2、母－胎接触面的封闭因素：如封闭抗体及封闭因子；蜕膜细胞的免疫抑制；来自子宫的淋巴结免疫抑制；滋养层细胞抗原部位被遮盖等；3、母体内的各种免疫抑制因子的作用:如孕激素，绒毛膜促性腺激素，碱性磷酸酶，早孕因子，甲胎蛋白及淋巴因子等；4、胎儿的封闭因素；5、当以上的某个环节出现异常时，滋养层或胚胎受到免疫攻击，导致胚胎的死亡，妊娠的终止。因此按照免疫学的观点，流产也是一种免疫排斥反应，是同种移植物失败的结果。关于习惯性流产的免疫学机制目前尚未完全搞清，现将几种有说服力的观点简述如下：
一）夫妇HLA相容性高
在人类白细胞、血小板，脏器组织的细胞膜表面有同种异体的组织相容性抗原。它是一类糖蛋白，以整合蛋白质的形式存在于淋巴细胞，血小板及精子的质膜上。人类主要组织相容性复合体或HLA复合体是估计有1000个基因的基因群，仅次于第六对染色体上，共有4个主要位点A，B，C，D//DR，这些位点编码特殊的细胞表面糖蛋白：即HLA抗原，它可刺激机体产生HLA抗体。实验研究显示，HLA抗体特别是D/DR抗体具有抑制夫妇间淋巴细胞反应的特性，它可封闭淋巴细胞反应，保护胎儿免受母体免疫系统的攻击，因此被认为是维持妊娠所必需的封闭因子。当妇女在遗传学上与其丈夫是纯合子时，与丈夫共有HLA抗原，特别是D/DR抗原系的相似性高，则不能刺激母体产生维持妊娠所需要的抗体。因缺乏这类抗体的调节作用，母体免疫系统容易对胎儿产生免疫学攻击，把胎儿作为异物排斥而造成流产。大量证据表明习惯性流产的夫妇具有共同HLA抗原的频率较正常对照组显著增高。并发现与习惯性流产的抗原主要表现在HLA－D伞点上。配偶间D/DR抗原的相容性越高，习惯性流产的发生率也越大。另外也有研究发现当夫妇高度共有HLA－A，HLA－B位点时，习惯性流产的发生率也明显高于正常对照组。
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